Но не все истории борьбы человека с инфекций заканчивались с таким триумфом. В длинном ряду этих историй  «почетное» место занимает чума  . Ведь она воспринима­лась  человеком как само олицетворение мора и даже ее название на латы­ни — pestis  переводится как «бич», «бедствие», «гибель». 
Историки выделяют три больших волны, собственно пандемии, связанных с этой «черной смертью». Первая, начавшись в Центральной Азии в середине VI века, в прав­ление импера­тора Юсти­ниана I, достигла столицы Визан­тийской империи Константино­поля. Мор разнесся по всему Средиземноморью, Север­ной Африке и другим землям. Отдельные вспышки продолжались до сере­дины VIII века. Потом чума затихла на несколько веков  и вновь дала о себе знать  в середине XIV века. Вторая пандемия, видимо, началась в 1330-х годах в Китае и распространилась по  Великому шелковому пути в генуэзский порт Кафа в Крыму, а затем с торговыми судами в 1347 году достигла Сицилии. Поразив сначала юг Италии, чума в 1348–1352 годах распространилась  по всей Европе, вплоть до Англии, Скандинавии и даже далеких русских княжеств. По оценкам историков, население Европы сократилось в это время на треть, а какие-то местности и города просто опустели.

Нанеся такой сильный удар по Европе, чума не ушла из нее навсегда, а  продолжала периоди­чески возвра­щаться вплоть до XVIII века. Вспышки случались довольно часто, но со временем полученный опыт предыдущих эпидемий кое-чему научил правителей. Люди поняли, что главным механизмом распространения являются близкие контакты и большие скопления людей. Поэтому пораженные города изолировали, их охраняли военные не столько от посещений извне, сколько для гарантии того, что оттуда никто не выйдет и не передаст заразу дальше. Были организованы поставки провианта, помощи с медикаментами, но изоляция продолжалась до полного исчезновения болезни в закрытом городе.

Истории  с эпидемиями именно чумы мы обязаны появлением в нашем лексиконе некоторых слов. Главной и единственной эффектив­ной мерой в то время признавалась  изоляция заболевших или самоизоляция тех, кто еще здоров. Поэто­му с древ­ности во вре­мя эпидемий города закрывали, а на пути путешественников выставляли заслоны. В 1377 году в порту Рагуза (сейчас Дубровник) на Адриатическом море были введены меры, призванные защитить город от чумы. Все кораб­ли, прибывав­шие из зара­женных или потенциаль­но заразных мест, должны были тридцать дней выжидать, прежде чем их команде разрешали сойти на берег. Этот период изоляции назвали   trentina (от итальянского слова trenta — «тридцать»). Для тех, кто прибывал в город по суше, этот период составлял сорок (quaranta) дней. Отсюда пошло всем знакомое  слово «карантин». В даль­нейшем такие меры распространились и на другие порты.

В 1423 году на островке рядом с самой Венецией создали специальную карантинную станцию, где расположился изолятор для подозрительных приезжих и больных чумой. Поскольку на острове издавна располагалась церковь Святой Марии Назаретской, а одним из небесных за­щит­ников зачумленных считали святого Лазаря, это место стало известно как Lazzaretto. Отсюда знакомое нам слово «лазарет». Прослеживается влияние чумы даже на строительство. После перенесенного пожара города реконструи­ровали, увеличив ширину улиц, чтобы во время следующего мора заразе было труднее распространиться

В 1771 году чума разразилась и  в Москве. Именно жесткий надзор военных на границе, выставление заслонов,  позволили избежать распространения чумы на другие города России. А вот вспышки на территории Османской империи продолжались до конца XIX века.

Третья волна началась с Китая в середине XIX века, а угасла только в 1920-х: из Азии чума с корабельными крысами проникла в Индию, таким же путем она попала в порты Се­вер­ной и Южной Америки, на восточное и западное побережье Африки и в прибрежные районы Юго-Восточной Азии. Число  жертв этой волны оценивают примерно в 12 миллионов человек (для сравнения: эпидемия испанского грип­па в 1918–1920 годах  унесла около 50 миллионов).

Причина возникновения чумы  и виновник  этих эпидемии — это палочко­видная бактерия (бацилла), которая получила название Yersinia pestis. Человек оказался лишь случайной  жертвой,  подвернувшейся  ей во время  эволю­ционной борьбы за выжива­ние. Еще  итальянский врач Джироламо Фракас­торо в трак­тате «О контагии, контагиозных болезнях и лече­нии», вышедшем в 1546 году, предположил, что болезни, которые сегодня называются инфекционными, могут переноситься какими-то крошеч­ными «семена­ми». Однако без микроскопа доказать это было нельзя. Обна­ружили эту бактерию только  в 1894 году во время вспышки эпидемии в Гон­конге. Швейцарский и французский бактериолог Александр Йерсен и японский врач Китасато Сибаса­буро независимо друг от друга выделили ее  из тканей больных.

В природе чумная бактерия живет в орга­низмах зверей, прежде всего грызунов: мышей, крыс, сурков, сусликов. В средневековой Европе главным распрос­тра­нителем эпидемии были черные крысы.  Иногда,  в основном через укусы блох, которые до этого питались кровью зараженного животного, она передается чело­веку. Попадая в кровь, иерсиния  проникает в лим­фатические узлы и начинает там размножаться с огромной скоростью. Узлы набу­хают, отвердевают и превра­ща­ют­ся в болезнен­ный бубон. Его содержимое инфицирует всю крове­носную систему, и человек, если не приме­нять современную терапию, с большой веро­ят­ностью умирает от общей интоксикации.  

При другом развитии болезни бактерии попадают в легкие, поражают их , и когда больной кашляет, микроскопи­ческие капельки распространяют бесчисленное число бактерий. Избежать заражения после нахождения рядом с таким больным  прак­тически невозможно. Именно поэтому легочная чума выка­ши­вала средневековые города, почти не оставляя выживших. До появле­ния антибиотиков бубонная форма болезни убивала 60–70 % заболевших, а легочная не оставляла шансов на выживание почти никому. Но уже в 1897 году эпидемиолог и  бактериолог Владимир Хавкин (уроженец Одессы, который в юности эмигрировал в Европу) во вре­мя эпидемии в Британской Индии создал первую противочумную вакцину.